根據工作職責，內設13個處級職能機構:辦公室(信訪處)、綜合規劃處、財務處、人事教育處、公路處、運輸與物流管理處、水運處、民用航空辦公室、安全監督處(應急指揮辦公室)、政策法規處(行政審批辦公室)、科技與信息化處、審計處、交通運輸行政執法局。

 (一)辦公室：負責重要文稿、綜合性報告起草工作;承擔廳重要會議組織、文秘事務、信息、文電、機要、保密、檔案、督查、政務公開、新聞宣傳等工作；承擔廳機關行政后勤事務管理工作。負責廳機關信訪工作。聯系電話：0898-65343827。

 (二)綜合規劃處：負責組織編制全省公路、水路交通運輸發展規劃，統籌銜接“五網”規劃;擬訂公路、水路建設固定資產投資計劃和年度計劃;承擔交通重點工程項目建議書、可行性研究報告編制及后評價工作；指導相關公路、水路工程項目立項、可行性研究，對公路、水路項目立項、可行性研究審批或核準提出初審見，負責相關公路、水路工程項目設計審批和工程造價定額管理工作;負責編制港口布局規劃、主要港口總體規劃，負責港口總體規劃審查、報批工作，負責港口建設使用深水岸線審查及上報工作、港口建設使用非深水岸 線審批工作;負責交通運輸行業統計、分析與信息發布工作。聯系電話：0898-65220315。

 (三)財務處：負責擬訂全省交通運輸行業財務規章制度并組織實施；負責交通運輸建設資金籌措、融資、調度，負責外匯、信貸以及利用外資有關工作；負責全省機動車輛通行附加費的征收管理工作；負責交通運輸部門預決算編制并組織實施，負責廳機關財務管理工作；負責國家及省財政下撥專項資金使用和監督工作；負責廳直屬單位國有資產管理和保值增值監督管理；承擔對海南交通投資控股有限公司履行出資人監管職責；指導全省交通運輸行業財務管理工作。 聯系電話：0898-65359101。

(四)人事教育處：負責廳機關及直屬單位的機構編制、人事及工資福利、干部隊伍建設工作；承擔有關對外交流及人才引進工作；負責全省交通運輸系統干部職工教育培訓工作；負責交通運輸行業專業技術資格評審、職業資格考核與鑒定工作；指導交通運輸行業職業技術教育工作。 老干部工作處：與人事教育處合署辦公，承擔廳機關并指導直屬單位老干部管理工作。聯系電話：0898-65329553。

 (五)公路處：負責全省公路建設市場監管，擬訂全省公路建設行業政策規定和技術標準，承擔公路建設項目施工許可和項目竣工驗收工作，負責公路建設質量、安全監管工作;擬訂全省公路養護和路政管理的政策制度及技術標準，組織編制并下達省養公路養護規劃和計劃，承擔省養公路養護工程設計、施工許可和竣工驗收作，負責省養公路養護工程建設質量、安全監管工作，組織全省公路超限治理工作，承擔國道、省道路政行政審批工作；承擔公路建設、養護節能減排和環保工作；指導和監督全省農村公路工作。 聯系電話：0898-65220131。

 (六)運輸與物流管理處：負責全省道路運輸市場監管工作，擬訂道路運輸專項規劃、政策制度及行業標準，承擔道路運輸行政審批工作；監督指導機動車維修、駕駛員培訓工作；負責城市客運、軌道交通運營、汽車租賃行業指導工作；承擔道路運輸節能減排和環保工作；負責擬訂現代物流業發展規劃及規劃實施過程中協調服務工作；負責農產品運輸綠色通道管理工作。聯系電話：0898-65220159。

 (七)水運處：負責全省水運建設市場監管，擬訂全省水運建設政策制度和技術標準，承擔水運建設項目許可和項目竣工驗收工作，負責水運建設質量、安全監管工作；負責水路運輸市場監管工作，擬訂水路運輸專項規劃、政策制度及行業標準，承擔水路運輸行政審批工作;負責港口管理，擬訂港口管理政策制度，承擔港口行政審批工作，負責港口設施保安工作;負責全省航道的養護和管理，擬訂全省航道養護和管理的政策制度及技術標準，組織編制并下達航道養護計劃，承擔航道養護工程設計、施工許可，承擔航道行政審批工作；承擔水運建設、水路運輸、港口、航道節能減排和環保工作；負責瓊州海峽運輸管理工作;指導航標養護工作；監督指導船舶引航工作。聯系電話：0898-65220103。

 (八)民用航空辦公室：參與編制全省民航發展規劃，提出相關政策建議;擬定地方民航管理相關配套政策并指導督促落實；參與空域管理改革工作；協調推進航權開放政策落實和國際國內航線開通；配合機場等民航基礎設施建設和管理工作，牽頭推進全省通用航空發展工作；負責全省民航信息統計和宣傳工作;負責做好與國家民航局、民航中南地區管理局、民航中南地區空管局等部門的溝通協調工作。聯系電話：0898-65355127。

 (九)安全監督處(應急指揮辦公室)：負責擬訂并監督實施公路、水路安全生產綜合性政策規定；監督指導交通運輸行業安全生產和應急管理工作；組織指導交通運輸行業安全生產和應急處置體系建設；負責社會治安綜合治理和行業維穩工作；依法組織或參與交通運輸營運性車輛、船舶事故調查處理工作。聯系電話：0898-65355807。

 (十)政策法規處(行政審批辦公室)：負責全省交通運輸行業體制改革和宏觀政策研究；組織起草地方性交通運輸法規和政府規章草案，承擔有關立法規劃和協調工作；承擔有關規范性文件的合法性審查和廳直屬單位規范性文件的報備工作；承擔行政應訴有關工作；負責行政執法證件管理、普法和交通運輸信用體系建設工作；組織推進本部門行政審批制度改革及職能轉變相關工作；依法受理并限時辦結行政審批或備案事項；指導市縣交通運輸行政審批工作。 聯系電話：0898-65372217。

(十一)科技和信息化處：負責擬訂交通運輸行業科技和信息化發展規劃、計劃；組織重大交通運輸科技項目研究、技術引進、科技成果鑒定和推廣應用等工作；統籌交通運輸節能減排和環保工作；負責交通運輸業信息化、大數據應用、政務數據資源管理等工作。聯系電話：0898-65370275。

 (十二)審計處：負責擬訂交通運輸系統內部審計制度和工作規范；依據有關規定開展經濟責任審計、財務收支審計、工程審計、績效審計及使用財政資金交通項目審計等；配合做好國家審計工作；指導全省交通運輸行業內部審計工作。 機關黨委:負責機關及直屬單位黨的建設和紀檢工作，領導機關工會、共青團、婦聯等群團組織工作；指導全省交通運輸行業精神文明建設工作。聯系電話：0898-65309631。

 (十三)交通運輸行政執法局:負責指導、監督全省交通運輸系統內公路路政、道路運政、水路運政、航道行政、港口行政、工程質量監督管理等執法工作，查處交通運輸領域重大案件和跨市縣區域案件；負責推進全省交通運輸綜合行政執法體系建設，制定執法標準規范，開展執法培訓。聯系電話:0898-66220286。