一、貫徹落實有關水路運輸管理的方針、政策、和法律、法規規章，并根據法律、法規規章及行業實際，擬定相關管理規定和措施。
二、負責對從事瓊州海峽輪渡運輸經營行為進行監督與檢查，并負責對舉報案件及違規經營行為進行調查處理。
三、負責對瓊州海峽客滾船輪班運營定時發班的班期進行安排與監督。
四、協調處理瓊州海峽輪渡運輸中發生的矛盾和糾紛。
五、負責每年春運工作車、客流量的預測，春運工作組織。落實上級交通運輸主管部門有關春運工作精神，并做好春運期間旅客車輛的疏運工作。
六、負責瓊州海峽輪渡運輸車輛、旅客的統計，并做好上報工作。
七、組織實施水路重點物質運輸和緊急運輸。
八、配合行政科開展法治政府建設和日常普法宣傳工作。
九、完成上級交辦的其他工作任務。
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